Le scribe, Genèse du politique, Biblio Essai nº 4003, Grasset, 1980.
Critique de la raison politique ou l’inconscient religieux, Bibliothèque des Idées, Gallimard, 1981 ; Tel nº 113, Gallimard, 1987.
Vie et mort de l’image, une histoire du regard en Occident, Bibliothèque des Idées, Gallimard, 1992 ; Folio Essais nº 261, Gallimard, 1994.
Croire, Voir, Faire, Odile Jacob, 1999 (recueil d’articles).
L’emprise, Le Débat, Gallimard, 2000.
I.f. Suite et fin, Gallimard, 2000.
Dieu, un itinéraire, Matériaux pour l’histoire de l’Éternel en Occident, Odile Jacob, 2002.
L’enseignement du fait religieux dans l’école laïque, rapport au ministre de l’éducation nationale, Odile Jacob, 2002.
Le Feu sacré, fonctions du religieux, Fayard, 2003.
Les communions humaines. Pour en finir avec « la religion », Fayard, 2005.
Un mythe contemporain : le dialogue des civilisations, CNRS Éditions, août 2007.
Un candide en Terre sainte, Gallimard, février 2008 (prix Nomad’s 2008).
Le moment fraternité, Gallimard, 2009.
Du bon usage des catastrophes, Gallimard, 2011.
Jeunesse du sacré, Hors série Connaissance, Gallimard, 2012.
Allons aux faits. Croyances historiques, réalités religieuses, Coédition Gallimard/France Culture, hors série Connaissance, Gallimard, 2016.
Civilisation. Comment nous sommes devenus américains, Gallimard, 2017.
 
OUVRAGES COLLECTIFS
À l’ombre des Lumières, Débat entre un philosophe et un scientifique, Jean Bricmont et Régis Debray. Odile Jacob, 2003.
Personnages et caractères. XVe-XXe siècles, collectif, sous la direction de Emmanuel Le Roy Ladurie, collection Académie des sciences morales et politiques, PUF, 2004.
Avec ou sans Dieu ? Le philosophe et le théologien, un dialogue avec Claude Geffré, animé par Éric Vinson. Bayard, 2006.
Du ciel à la terre. La Chine et l’Occident, avec Zhao Tingyang, Éditions des Arènes, 2014.
Que reste-t-il de l’Occident ?, avec Renaud Girard. Grasset, 2014.

 Articles, une sélection
 Institut Européen en Sciences des Religions